Historia Instytutu rozpoczęła się w 1986 roku wraz z utworzeniem Zakładu Podstaw Gospodarki Surowcami Mineralnymi PAN. Wkrótce jednostka została przekształcona w Centrum Podstawowych Problemów Gospodarki Surowcami Mineralnymi i Energią PAN, by w 1998 roku uzyskać obecną formę organizacyjną jako Instytut Gospodarki Surowcami Mineralnymi i Energią Polskiej Akademii Nauk. Cztery dekady działalności to czas intensywnego rozwoju naukowego, budowania silnych zespołów badawczych oraz tworzenia trwałych relacji z administracją publiczną, przemysłem i środowiskiem akademickim w kraju i za granicą.
1983
Posiedzenie Zgromadzenia Ogólnego PAN na temat efektywnego wykorzystania surowców mineralnych. W uchwale końcowej stwierdzono, że konieczne jest stworzenie kompleksowego programu badawczego poświęconego surowcom mineralnym i powołanie odpowiedniej jednostki badawczej.
1985
Wydział VII PAN Nauk o Ziemi występuje do Prezydium PAN o powołanie jednostki badawczej zajmującej się gospodarką surowcami mineralnymi.
1986
Powstaje Zakład Podstaw Gospodarki Surowcami Mineralnymi PAN. Twórcą i dyrektorem Zakładu jest prof. Roman Ney – członek rzeczywisty PAN.
1988
Jednostka zostaje przekształcona w Centrum Podstawowych Problemów Gospodarki Surowcami Mineralnymi i Energią PAN.
1993
W ramach Centrum powstaje pierwszy doświadczalny zakład geotermalny w Bańskiej Niżnej – Białym Dunajcu, bazujący na dwóch głębokich otworach. Jednostka jest prekursorem wykorzystania w Polsce energii geotermalnej. Instalacja jest obecnie eksploatowana na potrzeby ciepłownictwa oraz służy jako laboratorium geotermalne do badań.
1998
Uchwałą Prezydium PAN z 2 lutego 1998 roku jednostka naukowa PAN zajmująca się interdyscyplinarnymi badaniami w zakresie gospodarki surowcami mineralnymi i energią zostaje przekształcona w Instytut Gospodarki Surowcami Mineralnymi i Energią PAN.
2012
Instytut uzyskuje uprawnienia do nadawania stopnia doktora w dyscyplinie górnictwo i geologia inżynierska.
2017
Instytut otrzymuje prawo do używania prestiżowego logo Komisji Europejskiej „HR Excellence in Research”.
2021
W ocenie parametrycznej jednostek naukowych za lata 2017–2021 Instytut uzyskuje kategorię „A”.
2023
Zostaje otwarte Centrum Zrównoważonej Gospodarki Surowcami Mineralnymi i Energią – nowoczesny budynek laboratoryjno-biurowy, wykorzystujący do ogrzewania odnawialne źródła energii.
2025
Instytut uzyskuje uprawnienia do nadawania stopnia doktora habilitowanego.
2026
Na podstawie wyniku ewaluacji jakości działalności naukowej za lata 2022–2025 Instytut otrzymuje najwyższą możliwą kategorię „A+”.
